Universitas Muhammadiyah Kupang menuai pujian dari Forum Kerukunan Umat Beragama (FKUB) Deli Serdang Sumatera Utara (Sumut) karena mahasiswanya tidak saja kaum muslim tetapi juga dengan jumlah mahasiswa terbanyak adalah dari kaum Nasrani.
Sejak tahun 2016 hingga saat ini, Provinsi NTT menempati posisi teratas dalam hal indeks kerukunan di Indonesia. Ikatan kekerabatan yang kuat, menjaga kearifan lokal dan kultur saling menghargai dan menghormati antar suku dan agama menjadi faktor penting tingginya kerukunan dan toleransi di NTT.
Toleransi antar umat beragama di Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT) meraih indeks tertinggi di Indonesia dengan salah satu contohnya yaitu budaya pembangunan suatu rumah ibadah yang juga melibatkan umat dari agama lainnya.